通过对男性的身体检查及病史才能正确辨别是否患有不孕。包括童年时期疾病和青春期后流行的性腮腺炎睾丸炎和睾丸外伤或扭伤。性早熟可能表现在肾上腺出现异常症状，影响青春期发育出现综合症或表现为特发性性腺机能不足。生产时的意外损伤也不容忽视，因为这很有可能增加附睾囊肿或隐睪症的发病率。详细寻问患者的职业和工作环境，过多的热量或辐射也会引起不孕。癌症化疗有一定的依赖性，对睾丸还存有潜在的副作用。有吸毒史的人更应注意，合成代谢类固醇及西咪替丁都会影响生殖周期。药物柳氮磺胺嘧啶和呋喃妥因可能会影响精虫活动。吸烟和过量饮酒也会减少精子数量及荷乐蒙发生异常。有些疾病及治疗也有可能会影响生殖功能。男子只有单侧睾丸其精液质量也会大大少于正常。以前做过手术的如膀胱颈手术或腹膜后淋巴结术睾丸癌都有可能造成逆行射精或不射精。糖尿病和神经病变都有可能导致逆行射精或阳痿。
疝修补术无论是输精管和睾丸的血液供应都极易受伤，患者囊性纤维化，通常输精管或附睾及精囊都会出现问题。任何疾病或是发烧都会影响精子的产生，在这之后，由于从精子产生到成熟的整个生精过程需约74天，因此精子可能会受约3个月影响，此外，在管道还有一个输送时间。有时整个过程会有3－6个月也是正常的。性生活不规律，包括性爱频率，射精次数，使用润滑剂以及对排卵周期的不了解等都有关系。在年轻的患者当中肺部疾病纤毛超微结构是正常，但因睾丸生精细胞萎缩退化，不能产生精子，称为“先天性无精症”；睾丸能产生精子，但由于输精管阻寒，精子不能排出，称为阻塞性无精症。丧失性欲、头痛、视觉出现异常和溢乳可能是垂体瘤。其它的一些导致不孕的疾病有甲状腺疾病，癫痫症，以及肝脏疾病。