药物治疗是一种很常见的女性不育治疗方法，但使用药物受孕对男性而言并非如此。事实上，药物对男性荷尔蒙不平衡的治疗只有5％能够有所帮助。
性腺激素
当荷尔蒙失调，是由于下丘脑，垂体和睾丸之间的信号中断，从而影响精子生产。性腺激素这种类型的治疗对男性通常是非常有帮助的。如果有些男性已经被诊断出患有不明原因的不育症，且精子数量异常低，或只有不到40％的精虫。绒毛膜促性腺激素和FSH这两者都是治疗不育症的注射药物。
抗剂
睾酮缺乏症的人往往是由于缺乏促性腺激素。男性可以使用抗生育药物协助刺激释放促性腺激素。男性通常使用处方药包括他莫昔芬（nolvadex）和克罗米酚（clomid）。
当一个人不能产生睾酮时，被称为性腺机能不足，可导致男性不孕不育。它可以通过口服或注射药物来治疗。使用口服药物已遭质疑，因为它们被证明会造成肝功能异常，一般认为注射比口服药要安全。然而注射睾酮，并不能总是提供水平一致的激素来引起男性性欲。另外许多男性觉得打针不太方便，因为他们需要经常去医院。