生殖器疱疹症状各不相同。大多数人感染单纯疱疹病毒没有症状或只有轻微症状，但有些会有严重症状。当症状没有出现时，在过去的几个星期里感染者通常会发生一个或一个以上的惨痛水泡，在肛门或生殖器官周围，最终溃疡愈合。
当一个人第一次感染了疱疹病毒，如果症状发生时，通常是在最初的两个星期后感染。这些初期感染症状可以包括：发热（如流感样症状），外阴搔痒，燃烧或不舒服，妇女阴道分泌物异常，肿大的淋巴结，感觉压在腹部。
感染后平均约4～5日，外阴患部先有灼热感，旋即发生成群丘疹，可为一簇或多簇，继之形成水疱。数日后演变为脓疱，破溃后形成糜烂或浅溃疡，自觉疼痛，最后结痂自愈，病程约2～3周。皮损多发于男性的包皮、龟头、冠状沟和阴茎等处，偶见于尿道口；女性则多见于大小阴唇、阴蒂、阴阜、子宫颈等处，亦见于尿道口。原发性生殖器疱疹，往往伴有全身不适，低热、头痛等全身症状，局部淋已结肿大。本病常复发，复发性生殖器疱疹较原发者轻，损害小，往往无全身症状。男性同性恋可出现肛门直肠HSV-2感染，其发病率仅次于淋球菌所致的肛门直肠炎，临床表现为肛门直肠疼痛、便秘、分泌物增加和里急后重，肛周可有疱疹性溃疡，乙状结肠镜检常见直肠下段粘膜充血、出血和小溃疡。