治疗生殖器疱疹，迄今还没有特效药物，也没有切忌复发的特效药。常用的治疗计谋有：
1、药物治疗
首选药物叫无环鸟苷，此药可减轻全身症状和疼痛，压缩病程，日常口服即可，严重者可静脉注射；第2种药叫异丁苯丙酸，有阻止疱疹病毒的作用，口服用药；第3种药叫病毒唑，可缩减症状；第4种药叫病毒灵(吗啉呱);第5种药叫阿糖胞苷。均可酌情任用。
2、免疫治疗
牛痘苗、卡介苗和小儿麻痹糖丸，均可用作生殖器疱疹的免疫治疗，对精减复发有推断作用。也有的使用干预素、迁移因子、胎盘球蛋白等，以长进机体免疫力。据报道，目前正在试制疱疹病毒疫苗，以防治和减轻复发。
3、片段治疗
目标是禁忌患处感染,维持患处纯净干涸。一般用1：5000高锰酸钾坐浴或浸洗患处；也可用3%的双氧水溶液清洗患处；或用0.5%的阿糖胞苷溶液涂患处。有的使用无环鸟苷、疱疹净霜、复方新霉素膏、红霉素膏外用，均有必将效果。