对于生殖器疱疹的治疗，目前还有多数问题没有解决，治疗还不能根本拔去病毒，抑止疾病的复发。目前治疗分通常性治疗、抗病毒治疗及中医中药治疗，这些治疗都是势必的。平凡性治疗真相上是对症治疗，而抗病毒治疗是对因治疗，中医中药治疗多穿行辨证施治，标本兼治，有效地梗滞复发。
(1)往常疗法
①主要是维护片段纯洁、干燥及疱壁完整。可每日用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止痛药，给予精神宽慰。
②并发细菌化脓者，可外用抗生素药膏。
③局部疼痛触目者，可用5%盐酸利多卡因软膏或口服止痛药。
④精神劝慰，说明复发的原因和如何治疗及处罚。
⑤女性复发性生殖器疱疹须作妇科检查以此外子宫颈癌。
(2)抗病毒药治疗
①无环鸟苷 被得知是目前最有效的抗HSV药物。病情严重者可静脉给药，剂量为每公斤体重5mg，每8小时1次，共5～7天。以往患者可口服，每次200mg，天天4～5次，共7～10天。
②三氮唑核苷 是一种鸟嘌呤核苷的相像物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800mg，共10天，能裁减疼痛和收缩病程。
③免疫刺激剂 口服左旋咪唑有必将的疗效，但有报告效果不太齐备，体外知觉过问素对HSV有阻止作用，临床治疗作用尚在研究中。
(3)中医中药治疗 中医治疗首要是根据症状、体征，联合舌脉，通常将本病分为三型，即湿热下注、毒热蕴结、肾气缺少，分别给与两样的治疗方针