艾滋病毒损害免疫系统主要表现在以下方面：艾滋病毒感染速度过快，使免疫系统跟不上病毒的发展速度。艾滋病毒损害CD4+细胞，并取代它们。免疫系统在一天内可以催生多达百亿的CD4+细胞，但随着时间的推移，病毒的袭击，细胞开始慢慢减少，最后导致艾滋病。全世界受艾滋病毒感染的人约有3320万，并且每天的新感染病例约有14000人。
由于艾滋病毒的原因使CD4+细胞下降到危险的低水平，使一个人极易发生病毒感染（如癌症，腹泻，神经系统疾病等）。美国疾病控制中心表示，以CD4+细胞数量低于200/mm作为艾滋病诊断标准。