因艾滋病人免疫功能严重受损，常会受到其它病毒的感染，常见的有原虫、真菌（白色念珠菌）、病毒（巨细胞病毒、单纯疱疹病毒，乙型肝炎病毒），最后至人死亡，还有些病例可出现肉瘤或恶性淋巴瘤。此外，单核巨噬细胞中的HIV呈低度增加，不会引起病变，但会损害免疫功能，将病毒传到全身，引起肺炎和亚急性脑炎。
感染HIV后，往往要经历很长时间的潜伏期（一般3～5年或更长至8－12年）才会发病，这就表示HIV在感染机体中，以潜伏或低水平的慢性感染方式存于人体内。当HIV受到某些因素的刺激后，使在潜伏期的HIV被大量激活使人致病而死，多数患者在1-3年内便会死亡。